Bão số 3 đã qua, nhưng những hậu quả của bão để lại vô cùng nặng nề. Những thiệt hại với cơ quan quản lý Di sản cũng không hề nhỏ, theo thống kê có 13 nhà quản lý, điều hành trên vịnh Hạ Long bị hư hỏng, trong dó có 03 nhà bị hỏng hoàn toàn không sử dụng được; nhiều tài sản, trang thiết bị phục vụ công tác đón tiếp khách du lịch và sinh hoạt của VCLĐ bị hỏng. Nhiều nhà bè bảo tồn bị chìm. 95% cây xanh, tiểu cảnh tại các điểm đón tiếp khách trên Vịnh bị gãy đổ; 100% biển, bảng, nội quy, chỉ dẫn bị gãy đổ. Hệ thống lan can cầu bến đều bị gãy đổ. Đặc biệt, hoàn lưu sau mưa bão đã làm phát sinh lượng rác thải khổng lồ trên vịnh Hạ Long với nhiều loại rác từ khắp các nơi đổ về như lồng bè nuôi trồng thuỷ sản bị vỡ, phao xốp, mảng bè, tre nứa, thiết bị của nhiều công trình ven bờ bị bão phá huỷ trôi dạt về, các loại cây xanh…đã làm ảnh hưởng đến cảnh quan, môi trường vịnh Hạ Long. Bên cạnh đó, do mưa bão cuốn trôi phù sa, vất chất đáy làm toàn bộ mặt nước trong xanh của Vịnh đã bị vẩn đục kéo dài.